Preprints

AgriXiv preprints repository is launched on 14th February 2017 using Open Science Framework of the Centre for Open Science. You may see it here: https://osf.io/preprints/agrixiv/

osf-io_preprints_agrixiv


AgriXiv Papers:

  • A Survey of ICAR and NARS Websites for Web Technologies
    A Survey of the ICAR and NARS Websites for Web Technologies was carried out in 2013 in the light of ICAR guidelines for websites (2009) and would be carried out in 2017 in the light of government guidelines for websites.
  • CORRELATIONAL PATCH-CLAMP SPECTROMETRY OF THE ION CHANNELS
    Membrane ion channels operate in accordance with the main principles of coordination chemistry. Coordination number is known to determine the ion selectivity of the sodium and potassium channels. there are known both ligand-dependent and ligand-controlled ion channels operating within the supramolecular coordination fixation principles. The channel-forming ionophores form the structures which bind cations via coordination bonds leading to the conformational changes with the adjustment of the whole supramolecular architecture providing the ion channel selectivity. Such kind of non-covalent systems underlie the electrogenic membrane functions and the potential-controlled transmembrane ion transfer systems. They can be studied by means of the path-clamp method (i.e. the local membrane potential fixation), such as the «anion clamp», applied together with the analysis of the metal ion coordination geometry with the ion channels. However, such methods are not capable to register the ion channel conformational state in situ - during the ion coordination - with the molecular resolution of the ion channel structure. In this regard there is a need to develop dynamical methods capable of the simultaneous registration of the conformational and metallomic / elementomic coordination parameters and the electrophysiological response to the ion coordination. We propose to develop for this purpose a special kind of spectroscopic systems providing registration of the electrophysiological parameters and the single ion channel response by means of the local potential fixation techniques (patch-clamp / voltage-clamp) with the advanced spectral processing and the subsequent data mining, with the simultaneous spectral detection of the ion channel state as a coordination and conformationally labile supramolecular structure, with the final data processing results presented not as the single spectra, but as the spectral correlogram. Градов О. В., Орехов Ф. К. Корреляционная патч-кламп-спектрометрия ионных каналов – сочетание спектрального анализа электрофизиологического отклика каналома в нежестком реальном времени и методов спектроскопии ионных каналов как координационных (комплексных) структур // Биомедицинская инженерия и электроника. — 2016. — № 2(13). — С. 5–28.
  • Meeting SDGs in Bangladesh with Agriculture Knowledge Repositories
    The Sustainable Development Goals (SDGs) - No poverty, Zero Hunger, Good Health and Quality Education are directly linked to the world agriculture which constitute to about 6% world's GDP. However, the changing climate conditions are making tough for the farming and the food production is being effected. To eradicate poverty and to have no person goes to bed hungry, food must be adequate in household level, citizens should be provided with quality & safe food. For building healthy people and providing quality education all are linked with the agriculture. To address this situation, globally, researchers are working for hard and generating solutions for adaptive, resilient and sustainable farming livelihoods
  • ИЗОТОПНАЯ КАНАЛОМИКА ХЕМОАВТОТРОФОВ И ЕЕ РОЛЬ В ИЗОТОПНОЙ ГЕОХИМИИ КАК РЕГУЛЯТОРА ФОРМИРОВАНИЯ МЕСТОРОЖДЕНИЙ МЕТАЛЛОВ И ФАКТОРА ВЫВЕТРИВАНИЯ
    Градов О. В. Изотопная каналомика хемоавтотрофов и ее роль в изотопной геохимии как регулятора формирования месторождений металлов и фактора выветривания // XXI симпозиум по геохимии изотопов имени академика А.П. Виноградова (15–17 ноября 2016 г.) Тезисы докладов. — ГЕОХИ РАН - Акварель М, 2016. — С. 194–197. Практически общеизвестна роль хемоавтотрфов / литотрофов в формировании месторождений и выветривании, однако результаты этой биогеохимической активности и массопереноса, опосредуемого хемоавтотрофами, кардинально различны в зависимости от ионного состава среды, солевых эффектов проводимости и диаграмм Пурбе соответствующих условий указанной активности, а также ряда иных физико-химических характеристик, часто не рассматривающихся как факторы воздействия (для упрощения моделей). Биогеохимические представления раннего периода, на которых базировались модели и кинетические подходы к анализу подобных процессов, являются, по большинству критериев, феноменологическими и «эмпирическими», но не раскрывают суть процессов, происходящих на границе среды, процессируемой микроорганизмами, и поверхности хемоавтотрофов как активных агентов, процессирующих данную среду. Между тем, с точки зрения биохимической физики (и, в частности, биологической кинетики), механизмы, реализующиеся на границе раздела фаз или в её диффузионной окрестности, являются определяющими в таких случаях, так как ввод вещества в «микрореакторные» компартменты биологического происхождения и агрегация при биоминерализации, как правило, происходят опосредовано поверхностью биомембраны. Из специфичности хемоавтотрофов к химически-различным средам можно коррелятивно заключить, что свойства мембраны у них также различны и, как минимум, не противоречат условиям их нахождения в природной минеральной среде. Очевидно, что это прямо связано с механизмами действия мембраны в этой среде. Любые механизмы, определяющие мембранную активность в неорганической среде, по определению, должны являться механизмами взаимодействия этой среды с мембраной, следовательно – механизмами взаимодействия структурных единиц, обеспечивающих трафик неорганических ионов сквозь мембрану (трансмембранный перенос). Такими структурными единицами являются ионные каналы клетки, точнее их совокупность – т. н. каналом.
  • Месторождения стратегических и редкоземельных металлов как предмет био-индикации, элементологии и металломики
    Градов О. В. Месторождения стратегических и редкоземельных металлов как предмет био-индикации, элементологии и металломики // Месторождения стратегических металлов: закономерности размещения, источники вещества, условия и механизмы образования". — Материалы Всероссийской конференции, посвященной 85-летию ИГЕМ РАН. — ИГЕМ РАН Моква, 2015. — С. 124–125.
  • A Data Mining Approach to Examine the Effect of Climate Change on the Growth of Pinot Noir Grapes in Western Oregon Using Machine Learning Methods
    The wine industry is one of the top industries in Oregon, with over 700 wineries in the state. This is why this study aims to find the effect of climate change on the wine industry in Western Oregon. To find this, I had to choose a specific grape to look at. The chosen grape was Pinot Noir because a large part of the Oregonian wine revenue is from the sale of Pinot Noir wine. Also, I looked at Western Oregon specifically in this study because most of the wineries in Oregon are in Western Oregon. Using the NASA-operated Giovanni website, the surface temperature data of Western Oregon was collected in the form of color-coded heat maps. Using these heat maps, the average surface temperatures during the growing seasons from 1979 to 2015 were found. The growing season for Pinot Noir is April to September. Then, using the average surface temperature data I found the average area of land that was in the ideal temperature range for ripening Pinot Noir for each specific growing season. Next, I got the average annual temperature data for Oregon from the NOAA-operated Climate at a Glance website. Using a machine learning regression method called LOESS I examined the two data sets and was able to derive insights from them. The data showed that, generally, as the average annual temperature rises, the average area of land that has a temperature suitable for ripening Pinot Noir decreases. Also, the data shows that the best average annual temperature for growing Pinot Noir is 47 degrees Fahrenheit. Lastly, the data from the Climate at a Glance website showed that the average annual temperature of Oregon is increasing. This means that as time goes on, the area of land with a suitable temperature for growing Pinot Noir will gradually decrease.
  • КОЛИЧЕСТВЕННАЯ ОЦЕНКА ВОЗДЕЙСТВИЯ НЕОРГАНИЧЕСКИХ ЭЛЕМЕНТОВ НА КЛЕТКИ РАКА ТОЛСТОЙ КИШКИ ПУТЕМ АНАЛИЗА ОТКЛИКА ИОННЫХ КАНАЛОВ МЕТОДАМИ ПАТЧ­КЛАМП­ СПЕКТРОСКОПИИ В РЕАЛЬНОМ ВРЕМЕНИ
    Градов О. В. Количественная оценка воздействия неорганических элементов на клетки рака толстой кишки путем анализа отклика ионных каналов методами патч-кламп-спектроскопии в реальном времени // Сборник тезисов III Конгресса ОСОК (19 – 21 октября 2016 г.). — ФГБУ Российский онкологический научный центр им.Н.Н.Блохина Минздрава России Москва, 2016. Известна корреляция содержания отдельных неорганических элементов (калий, натрий, кальций, магний, железо, марганец, цинк, медь, фосфор, селен) в рационе и окружающей среде с риском развития колоректального рака [PMID: 8137659]. Необходима разработка средств диагностики и прогностики колоректального рака, основанных на корреляционном анализе содержания в рационе и воде микроэлементов и цитотоксичных элементов, способных взаимодействовать с ионными каналами, и отклика каналов, регистрируемого путем локальной фиксации потенциала на клеточной мембране (patch­clam / voltage­clamp). Предлагается для разделения вкладов и клеточно­электрофизиологических эффектов отдельных ионов разделять отклики отдельных типов или популяций каналов по частотам и фазам их срабатывания, реализуя спектральную обработку сигнала по временным окнам с использованием специальных алгоритмов процессинга, работающих в режиме «мягкого реального времени».
  • Indian ginseng growth study during 2007 and 2008
    Withania somnifera (ashwagandha or Indian ginseng) growth and development was studied during 2007 and 2008 at Anand in Gujarat of India
  • Scholarly Societies in National Agricultural Research System of India
    Information about scholarly societies housed in the National Agricultural Research System of India
Advertisements